マネージャ設定の "終了済と判断するまでの時間" が関連します。
端末が終了済みと判定されるためには、最短でも "終了済と判断するまでの時間" に設定された値 × 2 の時間を待つ必要があります。
デフォルト値の1,800秒の場合は、 1,800 × 2 = 3,600秒 = 60分 = 1時間 の時間が必要となります。
詳しくは、「NetSkateKoban v5.3 リファレンスマニュアル 管理編」の “12.2.3. 端末終了判定・自動ログアウト” を参照してください。